Министр спорта Калининградской области Наталья Ищенко заявила, что «Балтика» находится в тяжелом финансовом положении. Недавно сообщалось, что игроки «Балтики» не получают зарплату несколько месяцев.
В настоящее время «Балтика» продолжает выступление в чемпионате ФНЛ, команда лицензирована РФС для выступления в текущем сезоне. Основными источниками финансирования «Балтики» являются спонсорские средства и средства от деятельности, приносящей доход. Также финансовую помощь клубу оказывает правительство Калининградской области. В связи с тяжелым финансовым положением «Балтики» руководство клуба в настоящее время прорабатывает вопрос по выходу из кризисной ситуации.